Beim Biotopschutz stehen die Lebensgemeinschaften und Lebensräume der einzelnen Arten im Zentrum der Bemühungen.

Zu den landesweiten Biotopschutzaufgaben des NLWKN gehören landesweite Kartierungen von FFH-Lebensraumtypen und sonstigen schutzwürdigen Biotoptypen, die Bearbeitung des Kartierschlüssels für Biotoptypen und der Roten Liste gefährdeter Biotoptypen, die Aufstellung von Biotopschutzkonzepten sowie die Fachberatung in Fragen der Biotopkartierung (z. B. Gesetzlich geschützte Biotope und Landschaftsbestandteile) und des Biotopschutzes.

Eng verbunden mit diesen Aufgaben sind alle fachlichen Beiträge des Biotopschutzes zur Umsetzung der FFH-Richtlinie (Standarddatenbögen, Monitoring, Berichtspflicht u.a.).