Die hoheitliche Umweltüberwachung für das gesamte niedersächsische Küstengebiet gehört zu den Aufgaben des NLWKN: Die Forschungsstelle Küste (FSK), die seit dem 1. Januar 2005 zum NLWKN gehört, ist dafür zuständig.

Kennzeichnendes Merkmal vieler Untersuchungen der FSK ist die interdisziplinäre Zusammenarbeit unterschiedlicher Fachrichtungen. Sie ermöglicht die Klärung ursächlicher Zusammenhänge in den Wirkungsabläufen der aktiv und passiv im Küstenvorfeld wirkenden Kräfte. Wesentliche Voraussetzung für die kompetente Abdeckung dieser fachlichen Breite und Tiefe mit den verfügbaren Kapazitäten ist eine zielgerichtete Zusammenarbeit mit anderen Behörden und Instituten im nationalen und internationalen Bereich.

Als Beispiele im Bereich der angewandten Forschung sind auf nationaler Ebene die Einbindung bei Vorhaben des Kuratoriums für Forschung im Küsteningenieurwesen oder der Integrierten Küstenzonenmanagements (IKZM) in Niedersachsen zu nennen, international die mit dem Rijksinstituut voor Kust en Zee des Rijkswaterstaat gebildete Kerngruppe zum Erfahrungsaustausch und Forschungsabstimmung für Fragen des Insel- und Küstenschutzes mit dem Schwerpunkt auf die Bemessung von Schutzbauwerken, zu der bedarfsweise Universitätsinstitute und andere Forschungseinrichtungen hinzugezogen werden. Diesem Zweck dienen ebenso Forschungsvorhaben auf europäischer Ebene wie beispielsweise Essense, in dem die Bedeutung von Vogelfraß und Fischerei auf die Miesmuschelbestände in fünf Ländern untersucht und bewertet werden.