Natürliche Höhlen sind unterirdische Hohlräume, die überwiegend durch Lösungsprozesse und Ausspülung in Kalk-, Dolomit- und Gipsgesteinen entstanden sind (Karsthöhlen). Eine seltene Sonderform sind Quellungshöhlen, die durch Wasseraufnahme bei der Umwandlung von Anhydrit- in Gipsgestein gebildet wurden (im Harzvorland als "Zwergenlöcher" bezeichnet). Auch in Silikat- und Sandgesteinen gibt es vereinzelt kleine Höhlen, die z.B. durch Vorgänge der Gebirgsbildung oder durch Gesteinsverwitterung entlang von Spalten und Klüften entstanden sind. Diese befinden sich aber – wie auch viele kleine Höhlen im Kalkgestein – in der Regel in ohnehin geschützten Felsbereichen.
Höhlenbiotope haben insbesondere Bedeutung als Fledermausquartiere, werden aber auch von Amphibien und zahlreichen Insekten zur Überwinterung genutzt. Nur wenige Tierarten verbringen ihr gesamtes Leben in Höhlen, z.B. einige Würmer, Schnecken oder Krebstiere. Nicht zuletzt sind Höhlen bekanntlich auch für Wissenschaft und Heimatkunde von großem Wert.
Durch ihren unterirdischen Verlauf unterscheiden sich Höhlen von allen anderen geschützten Biotoptypen, die mehr oder weniger deutlich sichtbar sind. Der Schutz kann daher nur wirksam werden, soweit das Vorhandensein der Höhle bekannt ist. Dies setzt voraus, dass die Höhle eine natürliche oder künstliche Verbindung zur Erdoberfläche aufweist.
Gefährdungen werden insbesondere vom Gesteinsabbau, touristischer Erschließung, ungenehmigten Grabungen sowie von Beeinträchtigungen durch ungeregelten Zutritt (z.B. Störung von Fledermäusen, Beschädigung von Gesteinsbildungen wie Tropfsteinen, Feuerstellen) verursacht.
