Küstendünen sind durch Windeinwirkung entstandene Sandhügel, die in Niedersachsen weitgehend auf die Inseln im Wattenmeer beschränkt sind. In der typischen Abfolge treten seewärts niedrige, locker mit Strand-Quecke bewachsene Vordünen auf, daran anschließend mehr oder weniger hohe Weißdünen mit Strandhafer als dominierender Pflanzenart. Landwärts bzw. im Innern der Inseln folgen Grau- und Braundünen mit Sandtrockenrasen  (s.a. Magerrasen), Krähenbeerheiden (s.a. Heiden) und Gebüschen aus Sanddorn, Kriech-Weide u.a. In tieferen Dünentälern treten je nach Grad der Vernässung, Kalk- und Salzgehalt des Wassers Röhrichte, Moorheiden (s.a. Heiden), Seggen- und Binsensümpfe (s.a. Sümpfe) sowie Tümpel (s.a. Kleingewässer) auf.

Die Küstendünen mit ihrer typischen Tier- und Pflanzenwelt sind gefährdet durch Trittschäden, Bebauung, Abdecken offener Stellen mit z.B. Stroh, Reisig oder Teek sowie Anpflanzung und Ausbreitung fremder Gehölze (z.B. Kartoffel-Rose).

Salzwiesen wachsen an den Küsten zwischen der Mittleren Tidehochwasserlinie und der Sturmflutlinie, sind also mehr oder weniger stark vom Salzwasser beeinflusst. Auf den Inseln bilden vielfach Dünen die natürliche Obergrenze der Salzwiesen, ansonsten sind sie landeinwärts überwiegend durch Deiche begrenzt. Unterhalb schließen sich Wattflächen an. In natürlichen (unbeweideten) Salzwiesen dominieren insbesondere Salzmede, Strandflieder, Strand-Beifuß und Strand-Aster. Bei stärkerer Beweidung oder Mahd entstehen einförmige Andel- und Rotschwingelrasen mit Strand-Grasnelke und Salz-Binse. Weitere typische Pflanzen der Salzwiesen sind z.B. Sode, Strand-Milchkraut, Strand-Dreizack, Strand-Wegerich, Salz-Schuppenmiere und Löffelkrautarten.

In den brackigen Flussmündungsgebieten treten vielfach nur noch sehr kleinflächig Salzwiesen auf. Solche kleinen Bestände sind ab ca. 100 m² Größe geschützt. Salzwiesen sind u.a. gefährdet durch starke Beweidung.

Wattflächen liegen an der Küste sowie an den tidebeeinflussten Unterläufen der Flüsse unterhalb der Mittleren Tidehochwasserlinie und fallen bei Niedrigwasser trocken. Im Salzwasserwatt der Küste wachsen in den höheren Bereichen Queller- und Schlickgrasbestände, die zu den Salzwiesen überleiten. In tieferen Teilen finden sich stellenweise Seegraswiesen, ansonsten verschiedene Algen.

Im Brackwasserwatt der Ästuare (Flussmündungsbereiche) und im Süßwasserwatt weiter flussaufwärts wachsen Röhrichte aus Schilf, Strandsimse, Dreikant- und Salz-Teichsimse, die in den höheren Teilen mit Hochstaudenfluren und Spülsaumvegetation vergesellschaftet sind. Die tiefer gelegenen Zonen des Flusswatts sind überwiegend vegetationslos.

Wattflächen sind allgemein durch Wasserverschmutzung, aber auch durch Baumaßnahmen, Eindeichung, Aufspülung sowie durch Sport und Massentourismus gefährdet.