Geschützt sind Bäche und Flüsse (Fließgewässer) bzw. Teilabschnitte davon mit naturnahem, d.h. nicht oder wenig durch Begradigung und Ausbau verändertem Verlauf.

Früher ausgebaute Fließgewässer sind einbezogen, sofern sie im Laufe der Zeit wieder naturnahe Strukturen entwickelt haben.

Naturnahe Abschnitte sind bei Bächen und kleinen Flüssen ab ca. 20 m Länge, bei größeren Flüssen ab ca. 50 m Länge geschützt.

Naturnahe Fließgewässer sind gekennzeichnet durch abwechslungsreiche Ufer- und Bach- bzw. Flussbettstrukturen (z.B. Wechsel von kiesigem und sandigem Grund, von steilen und flacheren Ufern, Uferabbrüche, Kies-, Sand- oder Schlammbänke) sowie durch eine dem jeweiligen Fließgewässertyp entsprechende Wasser- und Ufervegetation. Langsam fließende naturnahe Bäche und Flüsse haben in der Regel einen gewundenen (mäandrierenden) Verlauf.

Ein wichtiges Kriterium für die Naturnähe ist auch die Wasserqualität. Es sind jedoch auch stärker belastete Fließgewässerabschnitte geschützt, sofern sie naturnahe Strukturen aufweisen.

In Niedersachsen lassen sich verschiedene Typen von Fließgewässern unterscheiden, die zu drei Gruppen zusammengefasst werden können:

• Bergbäche
  Sehr schnell fließende Bäche mit grobem Sediment aus Felsblöcken und Schotter. Die Wasservegetation ist in der Regel auf Moose, Algen und Flechten beschränkt, die auf den Steinen wachsen. Bergbäche sind typisch für die höheren Lagen des Harzes.

• Schnell fließende Bäche und Flüsse der Geest sowie der unteren Lagen des Berglandes
  Mäßig bis schnell fließende, sommerkalte Gewässer mit vorwiegend sandigem und kiesigem Sediment. Bei entsprechender Besonnung Wasservegetation aus z.B. Wasser-Hahnenfuß, Aufrechter Berle, Wasserstern, Flut-Schwaden, Wasserpest oder Tausendblatt.

• Langsam fließende Bäche und Flüsse der Niederungen
  Gewässer mit geringerer Fließgeschwindigkeit, die sich im Sommer stärker erwärmen, mit vorwiegend sandigem oder schlammigem Grund. Bei ausreichender Besonnung mit üppiger Wasservegetation aus z.B. Laichkräutern, Teichrose, Pfeilkraut, Wasserschwaden und Schilf.

Im Uferbereich naturnaher Bäche und Flüsse können weitere besonders geschützte Biotope wie Auwälder, Bruchwälder, Röhrichte oder Nasswiesen vorkommen.

Fließgewässer sind besonders gefährdet und beeinträchtigt durch Abwassereinleitung sowie Eintrag von organischen und anorganischen, festen und gelösten Stoffen von landwirtschaftlich genutzten Flächen (bzw. Teichanlagen, Verkehrsflächen usw.), Begradigung, Ausbau (z.B. Regelprofil, Steinschüttung, Sohlschwellen), intensive Gewässerunterhaltung (z.B. Grundräumung und Beseitigung der Vegetation), Stauwehre, Ableitung von Wasser z.B. für Fischteiche, Verrohrung (z.B. auch zu enge Wegedurchlässe), übermäßigen Fischbesatz (insbesondere mit ursprünglich nicht heimischen Arten oder Rassen), standortfremde Aufforstungen im Uferbereich (Hybridpappeln, Nadelhölzer) und Wassersport.